The Disappearance of Nagato Yuki-chan

Di alam semesta yang akrab namun berbeda, kutu buku pemalu dan gamer Yuki Nagato adalah presiden Klub Sastra SMA Utara. Teman-temannya, Ryouko Asakura yang terlalu berhati-hati dan Kyon yang biasa-biasa saja, adalah satu-satunya anggota klub lainnya. Meski begitu, Yuki menikmati kedamaian dan ketenangan yang dia bagi bersama mereka, terutama saat dia bersama Kyon,
siapa yang dia sukai. Ditambah lagi Tsuruya dan Mikuru Asahina-san, dua sahabat dengan kepribadian berlawanan yang sering mampir ke Klub Sastra.

Saat berjalan kembali ke apartemennya pada suatu hari yang dingin di bulan Desember, Yuki dipaksa menggambar simbol-simbol aneh di tanah oleh seorang gadis yang diduga berusaha menangkap Sinterklas.
Gadis itu memperkenalkan dirinya sebagai Haruhi Suzumiya, seorang siswa eksentrik dari Akademi Kouyouen bergengsi yang sedang berburu alien, penjelajah waktu, dan esper. Saat Haruhi dan temannya Itsuki Koizumi tiba-tiba muncul di ruang klub, mereka menyatakan diri mereka sebagai anggota resmi Klub Sastra,
dengan Haruhi mengambil tempat tinggal sebagai presiden eksekutif.

Dengan hari-hari tenang di Klub Sastra sudah berlalu, Yuki dan teman-temannya terjebak dalam serangkaian kesialan di bawah kepemimpinan Haruhi—dengan setiap insiden membuat Yuki dan Kyon semakin dekat daripada sebelumnya.